Първи строителен етап. Този период е свързан с изграждането на манастир около църквата„Св. 40мъченици", малко преди средата на XIV в., при което изглежда по - големи части от площта на некропола временно спират да се използват (обр.V - 4). Като главен манастирски храм - католикон, църквата няма значителни промени, с изкючение на някои поправки по западната фасада на притвора, при който са добавени още два пиластъра отстрани на входа. По този начин от голямата ниша се получават три по - малки, средната от които се намира над входа. Не е изключено тогава куполът над притвора да е бил демонтиран и покритието да е възстановено изцяло като сводово. В този етап манастирският храм е стенописван. От тази живопис върху западната стена на наоса са се запазили три сцени от вторият регистър. Над входа е разположено “Успение Богородично”, флакирано от юг и север със сцените „Сънят на Яков" и „Старозаветна троица".
Обр.VII. Част от накитите, открити при последните разкопки на църковния некропол. 1.Златен пръстен от гроб № 2(открит през 1992 г.) 2.Златен пръстен от гроб № 91(открит през 2000 г.) 3.Сребърен пръстен от гроб № 28(открит през 1993г.). 4.Златен пръстен от гроб № 73(открит през 1995 г.). 5.Златен пръстен от гроб № 100(открит през 2000 г.). 6.Златен пртстен от гроба № 98(открит през 2000 г.). 7.Златен пръстен – печат от гроба № 95(открит през 2000 г.). 8. Златен пръстен печат от гроб № 1(открит през 1992 г.). 9.Златен пръстен с антична гема от гроб № 76(открит през 1995 г.). 10.  Сребърно копче от гроб № 41(открит през 1993 г.). 11 . 12 . 13.  Сребърни копчета от гроб № 91(открит през 2000 г.). 14. 15.  Сребърни копчета от гроб № 73(открит през 1995 г.). 16.Златни обеци от гроб № 28(открит през 1993 г.). 17.Златни обеци от гроб  № 73 (открит през 1995 г.). 18.Наниз от полускапоценни камъни и  мъниста от гроб № 42(открит през 1994 г.).
От първия живописен слой е останал само стенописът от диаконикона (обр.III). Тъй като мраморните гробници в наоса са използвани вторично, най - вероятно е ктиторските и надгробни изображения да са били променени. Към такова предположение насочва и новоизградената малка тухлена гробищна камера в южния кораб. В притвора е бил поместен пълният календарен цикъл, при което нишите на западната фасада на наоса са запълнени.³⁰ Тухлената гробница до южната стена също предполага наличието на определен сектор за конкретни надгробни изображения. По цялата дължина на църквата пред северната и южна фасади са изградени открити галерии с дървена конструкция.
Втори строителен етап. Около средата на XIV в. от запад на църквата е построен голям засводен екзонартекс (обр.V-5). Той е фугиран отвътре и отвън с фина щукатура по подобие на цялата църква. Малко по - късно екзонартексът е бил изцяло живописван. Стенописите включват запазената цокълна украса върху западната и северна стена и следните образи и сцени от първия и втори регистър на източната стена: две двойки монашески изображения в цял ръст, Пророк Илия,  хранен от гарвана, Видението на Прокъл и Посещението на св.Антоний Велики при Павел Тивейски (обр.IV). Фасадите са имали стенописван цокъл от север и юг и керамопластична украса.
Обр.VIII. Череп от гроб № 91' със златосърмен текстил и златни халки (Етап от микроразкопките на Ив.Чокоев в Лабораторията за консервация и реставрация при РИМ - В.Търново).
 
Трети строителен етап. Във втората половина на XIV в. е извършено основно преизграждане на екзонартекса, който е бил съборен до 1 м над основите по неизвестни засега причини. Върху неговите стени и допълнително долепени към тях дълбоки основи отвътре и масивни пиластри е построена нова сграда с подобен план - западната пристройка, която е изпълнявала същите функции (обр.V -6). Тя има сводово покритие и кула - камбанария на западната стена.  Новоизграденият екзонартекс³¹ е останал без стенописна украса, най - вероятно поради липса на време. Дървените галерии от двете страни на наоса и притвора са демонтирани и на тяхно място са изградени нови с масивни каменни фундаменти. През третия период църквата е включена в плана на новоизградения манастир, отбелязан за пръв път около 1359 - 1360 г. в житието на св.Теодосий Търновски като Велика лавра „Св.40 мъченици". Тогава са построени екзонартекс, западното манастирско крило и т.нар. крипта, западната пристройка и галерии,  а сградата от изток и южното крило са функционирали като трапезария и игуменарница (обр.I - 1,2; обр.II - 5, 7, 8, 9). Некрополът в предишните си граници вече не съществува. Наличието на царски надгробни плочи с надписи и скулптирани капаци на саркофази показват, че гробниците в църквата се преизползват, като освен това се изграждат и нови в наоса и притвора. През втората половина на XIV в. вече може със сигурност да се твърди, че в манастирския ансамбъл отново се погребват членове на царската фамилия, потомци на славната Асенева династия.³²