След превземането на Търновград през 1393 г. манастирът престава да съществува и изглежда е изоставен. Църквата, включваща наос,  притвор, западна пристройка и галерии, обаче продължава да действа, като са правени някои малки преизграждания и ремонти (обр.V - 7).  Възобновява се традицията за използването на терените около църквата за погребална площ, като около нея отново се развива голям некропол, който съществува от края на XIV - XV в. някъде до средата на XVII в. Гробовете са разположени от всички страни на храма,  както и в неговата вътрешност, особено в западната пристройка,  която в този късен период наистина придобива характера на мавзолей (обр.VI - 4). Най - вероятната причина за изоставянето на некропола е събарянето на църквата „Св.40 мъченици", при което почти до основи е разрушена северната, а отчасти южната и източната стена на наоса, включително куполът, сводовете и галериите. Посочените накратко наблюдения и изводи от археологическите разкопки представят църквата „Св.40 мъченици" и манастира Великата лавра в по - различна светлина от наложената досега представа за тях.  Всъщност през този последен етап (1992 - 2000 г.) от дългогодишните изследвания на обекта окончателно беше проучена само църквата,  включваща наос, притвор, екзонартекс, западна пристройка и галерии. Работата в прилежащите части от манастирските крила доведе до значителни корекции и абсолютно нови моменти към плана на комплекса, а стратиграфските наблюдения коренно промениха цялостната датировка и периодизация на всички открити сгради и съоръжения. Новите данни по отношение плана, обема и строителните етапи на храма и комплекса около него показват, че при продължаване на проучванията на архитектурата, стенописите и стратиграфията ще се предложат още по - големи възможности за окончателното изясняване на основните проблеми и на второстепенните спорни въпроси, свързани с тяхната история. В този смисъл е наложително да се доведат докрай започнатите разкопки на манастира, където около 2/3 от неговата територия все още не е проучена. Не е установен обхватът и границите на средновековния некропол. Не са уточнени възможностите за съществуване и на други манастирски сгради в южна посока. Предвид дългоочакваното експониране на целия комплекс е необходимо всички проблеми за допроучването на обекта най - сетне да бъдат конкретизирани и открито поставени. Не е решен и въпросът за демонтажа на надстрояванията върху средновековните стени на църквата, за да се открие запазената оригинална архитектура на храма. Засега категорично мнение можем да изразим само по отношение на разкопките в църквата, чиято вътрешност най - сетне е изцяло и със сигурност проучена. Не стоят така нещата с терените непосредствено извън двете странични галерии и секторите северно и южно от тях, които несъмнено ще бъдат засегнати при бъдещи консервационно - реставрационни работи на църквта, тъй като точно тук са съсредоточени гробове със скъп инвентар от средновековния некропол - златни и сребърни накити, пръстени - печати и останки от златосърмено облекло (обр.VII; обр.VIII). Ето защо е необходимо преди всичко изцяло да се изчерпят културните напластявания в обсега на предвиждания проект за изграждане на защитно покритие на храма. Именно поради тези причини консервацията, реставрацията и бъдещото експониране на целия обект, а не само на църквата „Св.40 мъченици" (която е неделима част от манастирския комплекс),  и тяхното естествено вписване в архитектурния облик и планова схема на старата столица Търновград в най - пълна степен зависят от по - скорошното завършване на археологическите разкопки на Великата лaвра „Св.40 мъченици".