Възможността да работим цялостно в църквата, галериите и терена около тях и сондажно в различни участъци на територията на обекта позволи да извършим важни наблюдения по отношение общата стратиграфия на културните напластявания.   Благодарение на това за първи път на този археологически обект са направени цялостни напречни (изток - запад) профили в неговата централна част северно и южно на църквата.¹⁴ Тези профили включват няколко строителни нива, свързани с изграждането на най - значителните съоръжения и сгради, открити при досегашните разкопки.¹⁵ Южният профил се намира под южната галерия, като включва и сондажа в при речната ивица пред крепостната стена. Неговата дължина е 26 м с разлики в нивата 6 м.  Северно от църквата направихме общо 10 профила на различни нива и с различна ориентация.  Чрез тях проследихме пластовете с архитектурни останки,  гробове и материали от западната фасада на източното крило до сондажа пред западното лице на крепостната стена (дължина 28 м и денивелация близо 8 м). Цялостните стратиграфски наблюдения обхващат квадратите между направените профили с терена около и в църквата с площ 1 дка. Културните напластявания вървят в следния ред: най - отдолу има песъчлива пръст с канелен цвят, съдържащ многобройни фрагменти и няколко цели съда тракийска керамика от ранно и късножелязната епоха.  В този пласт, локализиран в различни сектори в наоса, притвора и извън галериите на църквата,  установихме отделни следи от жилища, топливни съоръжения и пасажи от камъни.

Обр I. Общ план на обект " Манастир Великата лавра" и цьрква„Св. 40 мъченици" с проучените сектори при разкопките през 1992-2000 г.  А. Ранновизантийска фортификация.  Б Средновековни сгради и крепостни стени. 1. Сектор при северозападния ъгъл на манастира.
2. Сектори около и в църквата.  I Сектор при Параклиса, 4. Сектор при югозападния ъгъл на ранношантийското укрепление.

  Находки от тракийската епоха са откривани и на други места на обекта при предишните разкопки.  Новите данни материали позволяват с повече увереност да се допусне наличието на тракийско поселение, тук  в приречнaта ивица на р. Янтра, в западното подножие на хълма Царевец, което е съществувало през желязната епоха.¹⁶ Под основите на помещение №9 на западното крило се разчисти дъно на хоросаново бъркало,  лежащо върху пласта с тракийски материали.  Бъркалото се намира на нивото на отстъпа на крепостната стена,  над който започва суперструкцията,  което безспорно показва, че е свързано с нейното строителство.  Над бъркалото се разчисти пласт сивокафява пръст, примесена с речен чакъл (ширина от 2 до 9 м), който се проследява по цялата дължина на проучения участък от крепостната стена. Чакълът се явява настилка на обходна улица, трасирана от вътрешната страна на крепостната стена и ограничена от изток с невисок подпорен зид (обр.  II  -  10).  Под настилката на улицата и над нея лежи пласт кафява пръст, в който открихме кухненска и амбалажна керамика от ранновизантийската епоха V - VIIв.  Този пласт се оказа най - изявен в близост до крепостната стена, докато в източна посока той почти изцяло е унищожен от изкопите за фундиране на църквата и гробовете от средновековния некропол, както и от преработването и насипването на терена при първите археологически разкопки,  късните преправки и ремонти на църквата в началото на XX в. Направените наблюдения показват,  че фортификационното строителство на обекта трябва категорично да се отнесе към ранновизантийската епоха ¹⁷ (обр.  I  -  А; обр.  II  -  А).  Освен новооткритата обходна улица и подпорна стена към нея изцяло беше проучена бойна кула, предназначена да подсили отбраната на потерната,  разположена на 10 м от нея.  Установи се също така, че към тази потерна е имало помещение, където се е намирало стълбището, извеждащо към обходната улица (обр.  II  -  А). Сигурното датиране на фортификационното строителство на обекта в V1 - VП в.  дава основание да определим неговите граници и функции. Несъмнено става въпрос за допълнително изградено укрепление към ранновизантийската крепост на хълма Царевец, което все още не е изцяло проучено (обр.  I  -  А). То има площ 25 дка и крепостни стени от юг,  запад и север, снабдени с пет бойни кули,  две кули - кладенци и две порти. Във вътрешността на южната стена е изграден проход със стълбище,  свързващо укреплението с крепостта. Северната стена все още не е разкопана, но ние направихме опит да установим нейното трасе, водещо към порта в западната стена на ранновизантийската крепост на хълма Царевец.¹⁸ Самото укрепление се явява основен водоснабдителен комплекс на ранновизантийския град, разположен на територията на В. Търново19 (обр. I).

Обр. II. Общ план на църкватa*
„Св.  40мъченици"
А.  Ранновизантийска
фортификация
Б.  Средновековни сгради,
I.  Наос.  2.  Притвор.  3.  Северни
галерии.  4.  Южни галерии5.  Екзонартекс и Западна прист -
ройка.  6.  Западна оградна стена
7.  Източно крило.  8 -  Западно
крило.  9.  Южно крило
10.  Подпорна стена
11.  Боклучна яма.

 При нашите разкопки на терена около църквата не открихме следи от културен пласт с материали и находки от края на VII - XII в.  Това показва,  че нито една от основните сгради или съоръжения на обекта не могат да се отнесат към това време. Над проследените дотук стратиграфски слоеве лежи пласт, в който са вкопани средновековни гробове, съдържащи като инвентар скъпи накити и останки от златосърмени дрехи, керамика и други находки от XIII - ХIV в. (обр.  VII, обр.  VIII) и покриващи разрушената отчасти ранновизантийска крепостна стена. 21) Неговата дебелина е различна в отделните участъци, тъй като теренът е с изявен наклон към реката в посока изток-запад. Площта от юг на църквата е преработена при предишните разкопки, поради което не открихме строителни нива, свързани с изграждането на крепостната стена, храма и сградите от комплекса. Разкрихме обаче 67 гроба от църковния некропол, една пета от които се намираха под стилобата на южната галерия (обр. II-4). Голяма част от скелетите, най - вече в западния сектор,  лежаха върху настилката на обходната улица,  а някои дори върху останките на крепостната стена.  Точно пред ранновизантийската потерна (където е било стълбището) се разчисти яма, в която имаше изхвърлени кости, черепи и тухли от средновековните гробове около църквата (обр. II-11). Основите на екзонартекса и по-късната западна пристройка, както и на южното крило и западната оградна стена на комплекса, също стъпват върху полуразрушената  ранновизантийска   стена(обр. II-5, 6, 8, 9). Установихме няколко изменения на средновековния терен чрез съотнасянето на различните нива на основите на наоса, притвора и екзонартекса и издигнатата върху неговите фундаменти западна пристройка, южната и северна галерии, както и на южното и западно крило и според дълбочините на вкопаване на средновековните гробове (обр. II-1-5, 8, 9) Тези различия показаха последователността в изграждането на отделните сгради в комплекса, което е свързано и с времето на функциониране и на некропола. Наблюденията и изводите, направени при проучванията от юг на църквата, категорично се потвърдиха и при разкопките на терена от север,  където бяха разкрити още 33 гроба. Така например, както скелетите от гробове с № I1, 2', 3', 4', 5', 73', 74', 75', 90', 91', 92', 93', 95' (обр. VI  - 9), така и основите на екзонартекса са вкопани в настилката от ранновизантийската улица и ограничаващата я от изток подпорна стена.  Някои от отбелязаните гробове,  както и тези с № 77', 80', 81', също се оказаха затиснати от стилобатите и стъпките на първата и втората северни галерии. Много важно е да отбележим, че гробове с № 93' и 96' са разрушени при строежа на манастирските крила, а гроб № 100' остава под основите на т. нар.  трапезария (Източно манастирско крило (обр. VI - 9). За разлика от юга в северните квадрати, които до нашите проучвания не бяха разкопавани, локализирахме и разчистихме няколко строителни нива, свързани с разширяването на църквата в западна и северна посока, заедно с някои от нейните преустройства.

Обр.  III.  Графична рисунка на новооткрития стенопис от диаконикона на Църквата „ Св.  40 мъченици ". 

  В близост до северната стена на притвора се намират две бъркала, свързани с неговото преизграждане, а до тях неголямо струпване от дребни мраморни парчета,  резултат от допълнителна обработка на декоративна архитектурна украса. Тези бъркала лежаха върху средновековния терен, който беше установен според горното ниво на основите на наоса. При изграждането на Първата северна галерия този терен е бил повдигнат чрез насип от пръст, който затиска хоросановите бъркала. В този насип е вкопан нейният стилобат, а върху него е положена тухлената й настилка.
Към строителството на екзонартекса се отнася дъното на друго бъркало, ситуирано при неговия североизточен ъгъл. Пред цялата северна фасада на църквата от източното крило (обр.II-7) до западното крило (обр.II-8) се проследи дебел слой разрушения - хоросан, тухли, стенописи, който покрива целия средновековен терен и намиращите се върху него изброени дотук по-ранни строителни нива. Този пласт запечатва ямите на 2/3 от гробовете от северната страна на църквата. В същия този насип е фундирана втората северна галерия и е монтирана нейната тухлена настилка.  Това ново ниво съответства и на северния вход на издигнатата върху основите на екзонартекса западна пристройка.
От периода ХV-ХIХ в. се разкри не особено дебел културен пласт, в който бяха разкопани 20 гроба от мюсюлманския некропол, Над него бяха разстлани строителни отпадъци от събарянето на църквата през 1913 г., запечатани от калдъръмената настилка, направена след нейното възстановяване.
Стратиграфските наблюдения на обекта очертават няколко особено важни извода по отношение на общата хронология на строежите в разглежданите сектори:
1. Най-напред се открояват неоспоримите данни, доказващи, че фортификационното строителство в приречната ивица се отнася към ранновизантийската епоха (обр. I-А). 
2. Най-западните помещения на църквата (екзонартекс и западна пристройка), както и западното, южното крило и западната оградна стена са изградени върху разрушената и нефункционираща по това време ранновизантийска крепостна стена (обр. II-5, 6, 8, 9)
3. В района на църквата няма културен пласт от края на VII-XII в. и останки от каквито и да е строежи от епохата на Първото българско царство и годините на византийското владичество, предшестващи строителството на самия храм, завършено според надписа в 1230 г. 
4. Църквата е издигната преди сградите, разположени на запад, юг и север от нея  -  екзонартекс, западна пристройка, западно, източно и южно крило и страничните галерии (обр. II-3, 4, 5, 7, 8, 9). 
5. Гробовете от средновековния некропол са включени във времето между отделните строителни етапи на храма(обр.VI). Възникването на некропола отнасяме към втората половина на ХIII в., преди строителството на манастира Великата лавра към средата на XIVв. В самия край на XIV в. или началото на XVв. около църквата отново се развива голям християнски некропол.