Нови интересни данни и материали постъпиха при разкопките на наоса, притвора и екзонартекса, западната пристройка и галериите на църквата.  Тези резултати заедно със стратиграфските наблюдения и новооткритите 100 гроба от църковния некропол създават конкретни възможности да разграничим строителната история на църквата от последвалото нейно мащабно преустройство и издигането на манастира. В този аспект архитектурните наблюдения и новооткритите фрески позволяват с повече увереност да се преразгледа датировката на оцелялата в храма живописна украса. Изложението на всичко това ще следва по реда за всяка една от отделните части на църквата и впоследствие за сградите и съоръженията на манастирския ансамбъл.
НАОС. Най-важните данни се установиха след демонтажа на късните надстроявания, когато открихме външна ниша на западната фасада на наоса и цокълна стенописна украса диаконикона, която беше свалена от реставраторите и пренесена в експозицията на музея²¹ (обр. II-1, обр. III). Южната и западна фасада наподобяват клетъчен градеж с фино обмазани с щукатура фуги. По този начин е била изградена и северната стена.  Следователно външното декоративно членение на наоса и липсата конструктивна връзка със стените на притвора показват, че първоначално църквата е имала само този план (без притвора). При новото разчистване на двете мраморни гробници, ситуирани край южната стена, се откриха фрагменти със скулптирана украса от техните капаци Установи се, че подовото ниво в олтара и южния кораб е с 0,28 м по-високо,  отколкото останалата част на наоса. Стана очевидно, че стилобатите под колоните не са били свърза помежду си, както и с основите на църквата. Освен това според измерените подови нива височината на стилобатите се оказа, че последните са направени по-късно от стените на наоса, т.е. в друг строителен етап.
ПРИТВОР. Разграничени бяха два основни строителни етапа във функционирането на притвора, при което последният е останал с непроменено подово ниво(обр. II-2).  Първоначално притворът е бил допрян на фуга към съществуващия отпреди наос. От първия етап са запазени само основите и малка част от суперструкцията.  Впоследствие притворът се съборил и преизграден отново е имал фасадно членение от север,  запад и юг. Останките от тухлени арки на западната вътрешна стена показват, че през този етап над притвора се е издигал неголям купол.(обр. II-2). По-късно на западната фасада са били добавени още два пиластъра, оформящи три външни ниши.  До южната стена е била изградена тухлена гробница,  функционираща може би и през двата строителни етапа(обр.VI-3). Приведените нови данни от разкопките за строителната история позволяват да представим сигурна архитектурна възстановка на интериора на притвора след неговото преизграждане. Въз основа на нея беше направена цялостна реконструкция на неговата стенописна декорация, т.е. разгъвка на целия годишен календар по четирите вътрешни стени и свода на притвора.²² Допускането на два варианта за разпределение на сцените от пълния годишен цикъл на календара в обема на притвора с купол или с цялостно полуцилиндрично засводяване е наложено от възможността за демонтаж на купола при покъсното преустройство на неговата западна фасада.
ПЪРВИ ГАЛЕРИИ. Изцяло разкопахме стилобата на първата северна галерия, който е напълно вкопан в терена и направен от зидани с глина ломени камъни(обр.II-3). Пред самата галерия е имало портик, изграден със същите строителни материали, който е водел към северния вход на наоса. От първата южна галерия е бил запазен зидът до основата на южната стена на църквата, на който са стъпвали нейните вътрешни подпори.  Двете ранни галерии са имали дървена конструкция и едноскатен дървен покрив по цялото протежение на наоса и притвора ²³(обр.II-3, 4).
ЕКЗОНАРТЕКС. Установихме, че неговите основи са с 1м по-дълбоки, а подовото му ниво с 0, 60 м по - ниско, отколкото се смяташе досега(обр.II-5). Въз основа на получените нови архитектурни данни направихме опит за пълна възстановка на външния вид и обем (обр.IV). Конструкцията на екзонартекса се е състояла от четири масивни контрафорса и големи аркирани отвори от север, запад и юг. Той е бил засводен и покрит с двускатен керемиден покрив с фронтони от изток и запад.  ²⁴ Откритите при архитектурните сондажи следи от фина фугировка и живопис по неговите вътрешни стени и по фасадите от север и юг доказаха,  че той е бил изцяло фугиран, а по-късно и стенописван отвън и отвътре ²⁵(обр.  IV).
    ЗАПАДНА ПРИСТРОЙКА.  Направените проучвания в тази част на църквата ни дадоха възможност да отбележим едно неизвестно преустройство на нейната западна стена²⁶ (обр.II-5). Оказа се, че намиращата се тук галерия е била допълнително реконструирана, като нейното подово ниво е било значително повдигнато чрез преизграждане на носещите я две големи арки.
 Обр. IV. Графична възстановка на стенописната декорация и вътрешиия обем на екзонартекса на  църквата „Св.  40мъченици" - погед на изток. 
Всъщност се установи, че при строежа на западната пристройка са използвани не само основите на северната и южна стена на разрушения екзонартекс, но и неговата почти изцяло запазена западна стена върху която е стъпвала първоначалната галерия (Обр. II-5).
ВТОРИ ГАЛЕРИИ. Новите разкопки около вторите галерии от север и юг показват, че те не са изградени по - рано от западната пристройка. Независимо от различната им конструкция (от север с единични фундаменти под носещите стълбове, а от юг  -  непрекъснат стилобат), строителната им техника е една и съща, поради което те явно са строени едновременно върху трасетата на по-ранните галерии (обр.II-3, 4).