Първи строителен етап. Царската гробнична църква вече променя своя характер, тъй като през втората половина на XIII в. около нея възниква и се развива голям светски некропол (обр.VI). Тогава към основния план на църквата е пристроен притвор (обр.V - 2). Не е сигурно, че гробницата до южната стена е изградена и съществувала едновременно с този притвор.
Втори строителен етап. Основното преизграждане на църквата през втория период е наложено от събарянето почти до основи на големи части от северните и западните стени на наоса и притвора (обр.V - 3), Най - значителни са преустройствата в наоса, където допълнително са изградени два самостоятелни кръстовидни стилобата под колоните, при което колоната с цар Иван-Асеновия надпис е поставена в северозападния ъгъл. Сега вече църквата със сигурност има кръстокуполен обем, като подкуполният барабан е издигнат върху първите четири колони от изток. Подовото ниво в южния кораб е подравнено с това в централния и северния и застлано с каменни плочи, докато тухлената настилка в предолтарното пространство (от източната двойка колони до междуапсидните стени) е малко по - високо. Едно стъпало над нея са мраморните плочи в олтара, чиято преграда е била опряна на междуапсидните стени. Притворът е цялостно преизграден върху старите основи, като е запазено същото подово ниво и фасадните ниши от север и юг. На западната фасада е оформена широка ниша, ограничена при ъглите с пиластри, в средата на която остава западният вход. Притворът е с полуцилиндричен свод, като в средата (на тухлени арки) се е издигал купол. Вторият период на църквата е свързан с функционирането й като представителен градски храм, около който се погребват изтъкнати хора от столичния елит, военни от висок ранг, както и граждани, отличили се с особени заслуги (обр.VI). Проучените тук многобройни гробове на мъже, жени и деца с богат инвентар, характеризират един от най - големите и представителни некрополи на Търновград (обр.VII; обр.VIII).  Изглежда, че през този период сградите от царското имение край църквата са изоставени и разрушени, а двата обширни двора около нея са използвани само за погребална площ.