Само   няколко  десетилетия   след   възстановяването   на   Втората   средновековна българска държава през 1230 г., в чест на победоносната битка при Клокотница, потомъкът на Асеновци цар Иван Асен II издига oт основи на мястото на съществуваща преди това църква и украсява със стенописи знаменитата базилика "Св. Четиридесет Мъченици" в подножието на хълма Царевец.
В този храм той пренесъл и издигнал колона с надпис на един от славните владетели на Първата българска държава - хан Омуртаг. Паралелно царя поставя колона със собствен надпис за подбудите и времето на издигането на църквата - победата му над византийския император Теодор Комнин, който нарушил подписания от него мирен договор. С издигането на двете колони Иван-Асен II ознаменува приемствеността между Първата и Втората български държави и изпълнява дълга си към своя род и отговорността си към българската народност. От 1230 г. до днес този свещен храм носи през вековете свидетелствата за своите създатели и за славни събития станали около него. Тук са открити останките на Асеновци - цар Калоян, тук е бил  погребан починалият  в Търново Св. Сава Сръбски.
Нито отдалечеността на времето, нито опожаряването и превръщането и в джамия, нито многократните издевателства над нея са могли да заличат в съзнанието на българския народ спомена за символичното значение на Великата лавра като главен храм. Още преди Освобождението будни родолюбиви българи направили опити за нейното проучване. След 1879 г. се възстановява при тогавашните възможности функцията й като столичен храм. Преди земетресението през 1913 г., когато значителна част, от запазените до тогава и описани от специалистите изображения са унищожени, известни български художници са направили някои копия с маслени бои върху платно. Точно тези възпроизвеждащи загубени части от оригинала могат да бъдат възстановени днес в стенописна техника и поставени на своите места. Това ще допълни представата за тематиката на средновековните стенописи. Наслоенията   от  времето  многобройните   късни   добавки,   изключително   тежкото състояние, в което се намират нейните останки и натрупаните многобройни сведения за нейното същствуване са наложили   да се помисли и за едно цялостно разкриване, археологическо проучване и реставрация на първоначалния вид на църквата. Началото на реализацията на тази идея е поставено през 60-те години на миналия век. Работата се оказва сложна, разнообразна, възбуждаща много спорове относно крайния резултат и е прекъсната за дълъг период от ок. 35 - 40 години. През този първи етап църквата е изцяло разкрита и освободена от късни добавки като археологическите разкопки на терена до нея продължават и днес. В началото на този период успешно се отделят от стените съхранилите се до тогава останки от стенописната украса, пренасят се на нови подвижни основи с възможност за експониране в музейни условия или връщане на място. Тази специфична дейност се извършва от Института за паметници на културата под ръководството на реставратора Здравко Баров. Част от по-малките фрагменти (без  Менелогия) участват в различни изложби и се съхраняват в  различни музейни колекции. Разкритите и оголени при разкопките останки от храма остават известно време под открито небе, тъй като възникват множество принципни и практически проблеми за реализиране на по-нататъшната им консервация и реставрация. Консервационните работи по обекта биват замразени и той е покрит с временна защитна постройка от фазерни картони, полиетилен и мушама.

От началото на 80-те години на миналия век до 1999 г. се провеждат три конкурса за реставрация на църквата, които за съжаление не дават резултат. Основна причина за спирането е и лошото финасово състояние на държавата от 1990 до 2000г. Прекъсването на усилията за поддържане на останките от структурата на храма и влиянието на външните природни фактори влошават неговото състояние. В продължение на около 40 години българският зрител е лишен от въможността да контактува със запазените уникални фрагменти от тези стенописи.
През последните години се появиха опасни явления - слягане на земните пластове, наводнения от р. Янтра и валежи, които заплашиха паметника с разрушение.
Тези рискови моменти станаха причина през 2003 г. да се вземат решения на МС и МК за спешни мерки по съхраняването на автентичните останки от паметника и осигуряване на средства за неговото възстновяване. Задачата беше възложена на колективи за проектиране и изпълнение. Предвидени са и мерки по стабилизирането и връщането на стенописните фрагменти на техните предишни места. Каквито и мнения да съществуват в момента, за възстановяването на строителната структура на църквата "Св. Четиридесет Мъченици", те не могат да отделят съдбата на запазените средновековни стенописи от нея. На всички е ясно, че при възстановяване на обема и вътрешното пространство на църквата, фрагментите трябва да бъдат върнати на своите първоначални места. Това отговаря на всички международни и наши правила за съхраняването на културно историческото наследство. Щастливо е обстоятелството, че всички структурни детайли на църквата, откъдето са свалени тези фрагменти, са запазени в своя първоначален вид до днес. От друга страна стенописната декорация е даденост, която е съпровождала литургичния ритуал във всеки храм.
Запазените оригинални фрагменти от стенописната декорация на църквата от 1230 г. са уникална, неразделна част от сградата, поради което връщането им на място е задължително. Те са равнозначен исторически паметник с архитектурно-строителната структура на обекта. От друга страна, живописта е най-атрактивната запазена даденост, заедно с колоните в интериора и археологическите ценности, намерени в храма и около него, носещи важна историческа информация.Тя е носител на изключително редки иконографски сюжети, което говори за особената високо художествена култура на столицата Търново.